Instruction n° DGS/MVI/2026/20 du 27 février 2026 relative à la recentralisation du pilotage et du financement des centres de vaccination par les agences régionales de santé (ARS)

La ministre de la santé, des familles, de l'autonomie
et des personnes handicapées

à

Mesdames et Messieurs les directeurs généraux
des agences régionales de santé (ARS)

La présente instruction décrit les grandes étapes de la mise en œuvre de la réforme de recentralisation du pilotage et du financement des centres de vaccination par les ARS, durant l’année 2026, pour une mise en application effective au 1er janvier 2027.

I. Contexte et objectifs de la réforme

Le pilotage et le financement des centres de vaccination relèvent aujourd’hui de plusieurs acteurs institutionnels. Coexistent ainsi des centres de vaccination gérés par des collectivités territoriales (départements ou communes), financés par la dotation générale de décentralisation (DGD) ou la dotation globale de fonctionnement (DGF), et conventionnés avec les ARS, ainsi que des centres habilités par les ARS et financés par le Fonds d’intervention régional (FIR).

À l’instar de ce qui a été fait, d’abord pour les centres gratuits d’information, de dépistage et de diagnostic des infections sexuellement transmissibles [IST|-virus de l'immunodéficience humaine [VIH] (centres gratuits d’information, de dépistage et de diagnostic des infections par les virus de l’immunodéficience humaine, des hépatites virales et des infections sexuellement transmissibles -CeGIDD) en 2015, puis pour les centres de lutte antituberculeuse (CLAT) dans le cadre de la Loi n° 2019-1446 du 24 décembre 2019 de financement de la sécurité sociale pour 2020, il a été proposé de confier l’ensemble des leviers organisationnels et financiers des activités de prévention et de promotion de la santé (santé sexuelle, lutte contre la tuberculose, vaccination) aux ARS.

La Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026 modifie donc l’organisation du dispositif des centres de vaccination afin de mieux l’adapter aux enjeux de santé publique et d’en renforcer le pilotage par les ARS.

À compter du 1er janvier 2027, la réforme prévoit un pilotage unifié des centres de vaccination à l’échelle régionale ainsi qu’un mode de financement simplifié et harmonisé sur l’ensemble du territoire assuré uniquement par le FIR, à l’exclusion de toute autre source de financement. Les collectivités territoriales qui le souhaitent pourront continuer à assurer la gestion de centres de vaccination, sous réserve d’une habilitation délivrée par l’ARS compétente. Dans l’hypothèse où le conseil départemental a subdélégué à des centres de vaccination relevant de la gestion par des communes, la demande d’habilitation sera formulée par le conseil départemental qui traitera directement avec les communes de son côté.

Si l’entrée en vigueur de la réforme est fixée au 1er janvier 2027, la loi prévoit une période transitoire au cours de l’année 2026. Cette période a pour objet d’organiser les modalités de transfert du pilotage, du financement et du cadre organisationnel des centres de vaccination.

II. Régime transitoire applicable aux conventions en cours

Conformément aux dispositions transitoires prévues par la Loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026, les conventions dont le terme est postérieur au 31 décembre 2025 et antérieur au 1er janvier 2027 seront prolongées de plein droit jusqu’au 31 décembre 2026. Les conventions dont le terme est postérieur au 31 décembre 2026 deviendront caduques à compter de cette date.

Il est demandé aux ARS d’organiser les modalités de sortie ou de poursuite de la gestion des centres de vaccination durant cette phase de transition en 2026, selon les deux situations possibles :

• Si la collectivité territoriale (département ou commune) souhaite garder la compétence de gestion d’un centre de vaccination, en le faisant savoir au besoin par une délibération, elle devra déposer, au plus tard le 30 juin 2026, un dossier de demande d’habilitation auprès du directeur général de l’ARS, dont le contenu est fixé par arrêté en application de l’article D. 3111-23 du Code de la santé publique. Le silence gardé par le directeur général de l’ARS sur la demande d’habilitation vaudra acceptation à l’expiration d’un délai de quatre mois à compter de la date de réception du dossier complet de la demande.
• Si la collectivité territoriale souhaite abandonner la gestion du centre de vaccination, elle doit la notifier à l’ARS via une délibération du conseil départemental ou de la commune.

À ce titre, il appartient aux ARS de, notamment :

• Prendre attache avec les collectivités territoriales actuellement compétentes en matière de gestion de centres de vaccination. Vous trouverez en annexe 1 un modèle de courrier type afin de vous adresser aux présidents des conseils départementaux ou aux maires des communes ;
• Notifier officiellement à ces collectivités une demande visant à préciser si elles souhaitent conserver ou abandonner la gestion du centre de vaccination ;
• Recueillir, avant le 30 juin 2026, une décision formalisée par délibération des conseils départementaux ou des communes souhaitant abandonner la gestion du centre de vaccination ;
• Recueillir, avant le 30 juin 2026, les dossiers de demandes d’habilitation en tant que centre de vaccination.

À l’issue de cette échéance, le 1er juillet 2026, les ARS devront disposer d’un état des lieux des collectivités poursuivant la gestion de centres de vaccination et de celles se désengageant du dispositif.

Vous trouverez en annexe 2, la liste des départements ayant conservé leur compétence de gestion de centres de vaccination au 1er janvier 2026.

Par ailleurs, pour les collectivités souhaitant conserver la compétence de vaccination, les ARS engageront, dès le second semestre 2026, la procédure d’habilitation correspondante, afin d’être en mesure d’assurer une continuité d’activité au 1er janvier 2027. Les ARS apprécieront l’opportunité d’habiliter la collectivité en tant que centre de vaccination au regard de la qualité du dossier (analyse de l’activité, des rapports annuels et de la conformité au futur cahier des charges), les ARS pouvant exprimer des attentes sur une évolution de l’activité de la collectivité au regard de la politique vaccinale locale.

À l’inverse, si la collectivité se désengage, il reviendra aux ARS d’identifier et d’habiliter de nouveaux centres de vaccination sur leur territoire, via un appel à candidatures, le cas échéant.

S’agissant des centres de vaccination gérés par un conseil départemental ayant conservé sa compétence vaccinale et conclu une convention avec l’État, les crédits finançant initialement ces centres sur la DGF seront transférés vers le sous-objectif de l’Objectif national de dépenses d'assurance maladie (ONDAM) relatif au FIR à compter du 1er janvier 2027, à fonds constants.

III. Missions et fonctionnement des centres de vaccination

En parallèle, des travaux en lien avec les missions des centres de vaccination vont débuter au premier trimestre 2026 au sein d’un groupe de travail associant les référents vaccination de quatre à cinq ARS, dont au moins une ARS ultramarine, en veillant à une représentation géographique équilibrée des territoires.

Les objectifs de ce groupe de travail seront de suivre la réforme pendant la phase de transition et de finaliser un nouveau cahier des charges des centres de vaccination au 1er juillet 2026.

Vu au titre du CNP par la secrétaire générale,
Virginie MAGNANT

Pour la ministre et par délégation :
Le directeur général de la santé,
Didier LEPELLETIER